Cześć,
Praktycznie dzisiaj GRUB wyparł inne bootloadery (np. lilo), więc zakładam, że prawdopobnie jego używasz. Masz dwa podejścia:
Pierwsze z nich zakłada, że instalujesz bootloader na dysku zapasowym przed awarią i jeżeli nie będziesz kombinował w /boot na dysku zapasowym (ew. oprócz nowych kerneli) to system powinien Ci się odpalić bez problemu.
Drugie podejście zakłada instalację bootloadera dopiero w momencie, kiedy potrzebujesz korzystać z zapasowego dysku. Przede wszystkim będziesz potrzebował innego systemu (o tej samej architekturze), aby dostać się do tego nowo skopiowanego systemu poprzez chroot. Wypada również podmontować /dev /proc /sys z systemu, z którego dokonujesz taką operację.
IMO moim zdaniem lepiej zawczasu przygotować bootloader, a później ew. synchronizować resztę rzeczy, kernelem, initrd'kiem nie zawracać sobie głowy - byle działało.
Uwaga na UUID partycji! Jeżeli są włączone w systemie i po nich GRUB rozpoznaje partycje i punkty montowania są w /etc/fstab po UUID system się nie załaduje, ew. dostaniesz busybox'a! Każdy dysk będzie miał swoje UUID'y partycji stąd ten problem.
Jeżeli masz pytania to pisz, postaram się odpowiedzieć.
Pozdrawiam